O enredo de Fate / Prototype ocorre oito anos após Heavens Feel. Aqui, o Santo Graal é ainda o objeto tão desejado. No entanto, a escuridão sob este chamado "Graal" é revelado enquanto os personagens continuar a lutar uns contra os outros, a fim de ganhar. Ayaka Sajyou é o último membro de sua família, e tenta viver normalmente, sem qualquer relação com o passado ou com a guerra real. No entanto, seu destino foi selado desde que ela era a irmã mais nova do proeminente Manaka Sajyou, que foi assassinado durante a guerra. Ela ainda conseguia se lembrar da última coisa que seu pai disse antes de sua morte "Você não tem escolha a não ser entrar em Sinta do Céu". No oitavo aniversário da morte de sua família, Ayaka é perseguido por um homem misterioso com criaturas cruéis, mas apenas no tempo, um esplendor santo traz um guerreiro que a salva. Agora, Ayaka não tem escolha a não ser entrar na batalha.